清政府在派海陆军赴朝的同时，电告清朝驻日公使汪凤藻令其据1885年(光绪十一年)的中日，知会日本外务省。汪凤藻据李鸿章的电令，于6月6日照会日本外务大臣陆奥宗光，说明清政府“保护属旧例……派直隶提督叶(志超)，选带劲旅，星驰往朝鲜全罗忠清一带，相机堵剿，……一俟事竣，仍即撤回，不再留防。”日本政府见中国兵朝鲜已圈，认为时机到来，决定乘机寻衅，与中国一战，以便实现其梦寐以求的侵略朝鲜和中国的野心。

我国应朝鲜之请，派援兵戡定内，乃从来保护属之旧例。内平定之后，即行撤兵。目下仁川、釜山各港情形，虽属平静，然该两地为通商岸，故暂留军舰，以资保护。若贵国派兵，系专为保护使馆领事馆及商民，自无派多数军队之必要。贵国派兵，即非于朝鲜请求，望勿朝鲜内地，以免惹起惊疑。又倘与我国兵士相遇，以言语不通之故，或竟发生事故，不无可虑。”

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日本政府在派兵赴朝的同时，积极行外讹诈活动。6月7日，外务大臣陆奥宗光复照清政府说，日本政府从不“承认朝鲜为中国之属”。同时，急电驻中国代理公使小村寿太郎照会清朝总理衙门：“朝鲜现有重大变事件，我国认为有派兵之必要，帝国政府拟派兵若，前往朝鲜”。日本政府的两个照会，一个目的，无非为其侵略朝鲜制造借。清政府接到小村寿太郎照会之次日，复照日本，对日本的所谓理由行有理、有据地驳斥。复照指：

第六十二章北洋阅兵在线.

村再次自会见袁世凯，敦促清政府兵。3日，袁世凯又致电李鸿章说：“杉与凯旧好，察其语意，重在商民，似无他意。”李鸿章听信袁世凯对日本“必无他意”的谎言信以为真，即令北洋舰队提督丁汝昌派济远、扬威二舰赴仁川、汉城保护侨商。并令直隶提督叶志超和太原镇总兵聂士成率二千余人东渡。6月6日，东渡清军乘坐招商局船前往朝鲜。东学起义军在清军到达前，方面由于受了朝鲜统治阶级“媾和”的欺骗，同时，慑于清军的压力，向朝鲜政府提十二条要求后，于6月12日撒全州。

对于清政府的复照，日本政府不但置若罔闻，反而提更加蛮横无理的要求。6月12日，小村寿太郎转达日本政府照会说：“此次我国派兵朝鲜，系据日韩济浦条约之权利；而兵手续系据天津条约，帝国派遣军队多寡，由帝国政府自行裁决，其退行止，毫无受他人掣肘之理。”

早在清政府决定派兵赴朝前，日本就于6月1日，以所谓“陆军大演习”为名，将邮船公司的船急集合起来，准备运兵赴朝。6月2日，日本内阁正式通过以“保护”使馆和侨民为借，兵朝鲜的决定。并得到明治天皇的裁可。参谋总长提议先派约七千人的一个混战旅团迅速赴朝。6月5日，正式成立有参谋总长、参谋次长、陆军大臣、海军军令长等参加的战时最指挥大本营。当天，以保护驻日公使大鸟圭介回任为名，派先遣队赴朝。在清军抵达牙山的同一天，于仁川登陆。接着，将七千人的混成旅团派赴朝鲜。至16日全都在朝鲜登陆完毕。